Čižmár zkoumá, jak kontrolovaně využívat světelný přenos v optických vláknech. Multimodální optická vlákna, tedy ta, která přenášejí světelný signál více než jedním způsobem, pak využil pro zobrazování. Nabídl tím mikroskopii možnost nahlédnout nečekaně hluboko do tkáně.
Vědec přispěl k novým cestám ve studiu dynamiky proudění krve i toho, jak se chovají neurony naživo. Tyto znalosti pomáhají pochopit i léčit vážné neuronální choroby jako třeba demenci. Čižmár se pokouší se svým týmem překonávat limity této zobrazovací techniky. Testují ji při dlouhodobých experimentech na laboratorních zvířatech. Vytváří tak možnost opakovaně zkoumat stejné struktury mozku volně se pohybujících zvířat. Může to pomoci neurovědcům pochopit funkci mozku v nejrůznějších situacích, jako jsou sociální interakce, proces učení nebo stres.
Jeho takzvané zmenšení endoskopu dnes ocenila Evropská mikroskopická společnost při Evropském mikroskopickém kongresu v Kodani.
Ocenění European Microscopy Award se uděluje jednou za čtyři roky těm, kteří v oboru mikroskopie dosáhli kvalitních a originálních výsledků. S cenou je spojena finanční odměna 3000 eur, což je v přepočtu přibližně 75.000 korun.
