Činnost WHO zahájila v dubnu 1948, když její stanovy ratifikovalo předepsaných 26 členských států. Členy organizace je dnes 194 zemí (včetně ČR). Své ústředí má WHO ve švýcarské Ženevě. Celkem Světová zdravotnická organizace zaměstnává přes 7000 lidí ve 150 zemích, má šest regionálních poboček. Celkový rozpočet WHO je v miliardách dolarů ročně, tyto prostředky pocházejí z příspěvků 194 členských zemí a z darů.
Na své konto si WHO připsala řadu úspěchů. V roce 1980 prohlásila po dlouhém boji za vymýcené pravé neštovice, v roce 1998 vyhlásila program vymýcení spalniček. V důsledku poklesu proočkovanosti populace v posledním desetiletí ale dochází opět ke vzniku epidemií spalniček. WHO také řídí celosvětový program týkající se syndromu získaného selhání imunity (AIDS). Počet obětí nemoci od roku 2005 výrazně klesl, ročně jí přesto podlehne milion lidí. Úspěchem je fakt, že antiretrovirotiky se už léčí více než polovina lidí s HIV.
V roce 2003 byla podepsána Rámcová úmluva WHO o boji proti kouření a tabáku, první v historii organizace, která se věnuje výhradně problematice veřejného zdraví. V posledních letech se WHO angažovala zejména v boji s pandemií koronaviru, takzvané prasečí chřipky či viru zika. Šéfem WHO je od roku 2017 Etiopan Tedros Adhanom Ghebreyesus, který byl loni znovu zvolen.
WHO byla kritizovaná i chválená během koronavirové krize. Kritika se točila hlavně kolem pozdní reakce organizace a chaotických příkazů. WHO vyhlásila globální stav nouze až 30. ledna 2020, kdy byl koronavirus rozšířen již do 21 zemí. Za pandemii WHO označila šíření nákazy 11. března 2020, kdy již bylo nakaženo přes 120.000 lidí, z nichž více než 4000 lidí podlehlo nemoci.