Holý stál například za jedním z nejúčinnějších léků v boji s epidemií AIDS. Antivirotikum Viread je vyráběné na základě licence jeho původních objevů, stejně jako jiný účinný lék působící proti viru pásového oparu, viru pravých neštovic a virovému zánětu oční sliznice nebo další preparát, úspěšně potírající virovou hepatitidu typu B. Výsledkem Holého výzkumů je i původní český lék na opary.
U Antonína Holého vždy platilo, že své milované chemii věnoval celý život a laboratoř považoval za svůj živel. To, co leckomu přijde jako odříkání, bylo pro rodilého Pražana každodenní praxí. Dvanáct hodin v laboratoři obvykle vystřídal večer vyplněný sledováním odborné literatury, přípravou přednášek, publikací a vědeckých výsledků.
“Věda vyžaduje opravdu hodně práce,” tvrdil muž, který se víc než vědcem či badatelem vždy cítil být hlavně vědeckým pracovníkem. A to i během osmi let na přelomu tisíciletí, kdy celému Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd ČR šéfoval. “Já osobně bych byl v jiné instituci než v Akademii věd těžko pokročil ve své práci až tam, kde jsem dnes,” řekl mimo jiné. Složil tak kompliment své domovské instituci, v níž pracoval přes půl století.
Do Ústavu organické chemie a biochemie Holého přijal jeden ze zakladatelů české biochemie František Šorm. Holý sice vystudoval s červeným diplomem chemii na Matematicko-fyzikální fakultě UK, ale místo tam pro něj nebylo, i když měl komunisty žádaný dělnický původ. Někdo ho totiž udal, když se nevybíravě vyjádřil k zásahu Sovětů proti maďarské revoluci v roce 1956. Šorma ale případné politické potíže nezajímaly a Holému umožnil v roce 1960 nastoupit.
Chemie nukleových kyselin
Nadějný vědec po třech letech přešel do vznikající laboratoře chemie nukleových kyselin. Oddělení později také 20 let vedl. Za vyloženě šťastné lze označit setkání profesora Holého s mladým belgickým virologem Erikem de Clercqem z univerzity v Lovani v roce 1976.
Tehdy začala mnohaletá spolupráce, při níž vědecké týmy z obou zemí zkoumaly, jestli by nově objevené látky nebyly účinné proti virům. Šťastnou náhodou hned první várka několika vzorků zaslaných k testování do Lovaně obsahovala látku, která účinná byla, a úspěšná spolupráce pokračovala nadále.
Holý byl autorem či spoluautorem několika stovek publikací a šesti desítek patentů. Patenty na léky z jeho laboratoře dodnes zajišťují významnou část rozpočtu Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR. Vědec, který se dlouhodobě potýkal s chronickým zánětem hrtanu, získal řadu ocenění včetně Descartovy ceny Evropské unie (2001) nebo Medaile Za zásluhy (2002).